Abstract
In de permafrost van Yukon, Canada, zijn in de grond bewaard gebleven holen van grondeekhoorns (Urocitellus) gevonden, die uitwerpselen bevatten die dateren van het Holoceen tot minstens het Midden-Pleistoceen (~700.000 jaar geleden). Met behulp van shotgun-metagenomica en gerichte verrijking hebben we een rijk, multi-taxon spectrum aan oud omgevings-DNA uit deze uitwerpselen geïsoleerd, waaronder: planten, insecten, microben en megafauna die kenmerkend zijn voor ecosystemen in Oost-Beringië. Deze uitwerpselen bevatten consequent een overvloed aan eukaryotisch DNA, waardoor de samenstelling van meer dan 18 mitochondriale genomen mogelijk is (grondeekhoorn, sneeuwhaas, steppebizon, paard en mammoet). Dit onthult een voorheen onbekende diversiteit binnen het Arctische Urocitellus-geslacht, waaronder een afstammingslijn van ongeveer 700.000 jaar geleden die dateert van vóór de divergentie tussen verschillende bestaande clades. Karakteristieke schadepatronen, positieve/negatieve controles en in silico taxonvalidaties ondersteunen sterk de authenticiteit van aDNA, en vergelijkingen met regionale permafrostdatasets wijzen op minimale uitloging na de afzetting. Deze resultaten tonen aan dat permafrostcoprolieten gedetailleerde gegevens kunnen opleveren over kwartaire ecosystemen en de geschiedenis van populaties van meerdere organismen, en daarmee een krachtige aanvulling vormen op oud DNA uit sedimenten en skeletten.
Website: Nature
